马尾船政局在中国近代海军史、工业史、教育史、思想文化史等方面都留下了深深的印迹。

　　首先，它是中国近代海军的发祥地。左宗棠的初衷之一是要整顿水师。船政造船，主要造的是军舰，武装海军；同时制炮，生产鱼雷，也是为了武装海军。船政培养的人才，主要是造船和驾驶人才，也都是为造舰和海军服务。因此，船政被誉为“中国海防设军之始，亦即海军铸才之基”，其影响是十分深远的。它培养了许许多多的海军军官和军事技术人才，据不完全统计达1100多名，占中国近代海军同类人员的60％，其中包括中日甲午海战英烈邓世昌、林永升等一大批爱国英才。

　　其次，它一度成为中国近代最大的船舶工业中心。马尾船政是当时在中国乃至远东规模最大、设备最为齐全的船舶工业基地，从1868年开始制造“万年清”号，到1907年止，共造船44艘，总吨位57550吨,占全国总产量的82％。造船技术也不断更新，从木壳船到铁胁船，又到铁甲船。造船工业是当时科技水平的综合体现，并且带动了上下游工业的发展，也造就了一大批科技人员和产业工人。

　　再次，它开办了中国近代最早引进西方教育模式的近代技术型学堂。马尾船政学堂采用法国教育体制，把船舶工程学校与海军学校合二为一，是一所按技术分设专业的近代高等院校。前学堂学制造，采用法国军港士官学校的科目训练；后学堂学驾驶，采用英国海军的培养方法训练。在此后的40多年里，船政学堂共毕业学生510名（连同民国初期毕业的共629名），选送出国留学生四批及零星派出共111人，很多人后来都成为我国科技力量的主要骨干。

　　又次，它是近代中西文化交流的一面旗帜。船政局通过派遣学生留学的方式，在中西文化交流中作出了杰出的贡献：一是引进了西方的应用技术，也就是所谓“西艺”，迅速地提高了科技和工艺水平。二是引进西方的政治、经济、法律思想，突破了“中学西用”的框框，引进了触动“中学”的“西政”观念。三是将中国文化介绍到国外去，陈季同就是其中杰出的一位。他在清政府驻法、德等国使馆工作多年，写了许多介绍中国现状和中国文学的法文作品，如《中国人自画像》、《中国戏剧》、《吾国》等，还用法文写了一本以中国问题为题材的喜剧《英雄的爱》，在法国文坛上享有盛名，为中西文化交流作出了贡献。